Kripta agerraldi-kapera egon zen lekuan dago, Ama Birjinaren irudia agertu zen tokian eraiki zuten hasierako kaperaren lekuan. Kriptaren dekorazioaren inguruan izugarrizko polemika izan zen, 30 urtez luzatu zena, gainera.

1952 urtearen erdialdera, Francisco Javier Sáenz de Oiza eta Luis Laorga arkitektoek, Pablo Lete Probintzialaren onespenaz, Arantzazuko Basilikaren pintura-dekorazioaren egiletza erabakitzeko lehiaketan parte hartzeko gonbita egin zieten zenbait artistari. Obrarik egokiena hautatzeko ardura Sáenz de Oiza eta Laorga beraiek, Jorge Oteiza eskultoreak, Secundino Zuazo arkitektoak eta Daniel Vázquez margolariak izan zuten. Bi azken horiek Madrilgo San Fernando akademiako kideak ziren. Lehiaketan parte hartu zuten hamar zirriborroetatik bi bakarrik jo zituzten, aho batez, proiektua gauzatzeko mailadun: Carlos Pascual de Lararena eta Nestor Basterretxearena. Larak absidea eta Basterretxeak kripta dekoratuko zutela erabaki zuten. 1953ko urtarrilean jakinarazi zieten erabakia artistei.

Basilika berriaren eraikuntza amaitu baino zenbait hilabete lehenago, 1955eko udan, Erromatik heldu zen Donostiako Gotzainak, Jaime Font Andreuk, urte bete aurrerago hartutako erabakia konfirmatu zuen agindua: Santutegiko dekorazioa debekatu zuten ezarritako kanon artistikoei erantzuten ez ziolako. Artistek ez zuten agindua onartzea beste irtenbiderik izan.

Egoera zaila zen berez, baina debekuari beste gertaera bat batu zitzaion: Basterretxeak kriptan egindako lehen lerroak gau batean pintura zuriz tapatu zituzten, inork horren gaineko ardura hartu gabe. Orduan hasi zen artistaren eta frantziskotarren arteko liskarra. Urte asko pasa ziren 1980an kriptako dekorazioa amaitzeko bi aldeak negoziazioetan hasi ziren arte. 1983an akordioa egin zuten, eta hurrengo urtean Basterretxeak hiru hamarkada lehenago hasitako lana bukatu zuen.

Nestor Basterretxea Bermeon jaio zen 1924ko maiatzaren 6an. 1936an familiarekin erbesteratu zen Frantziara, eta II. Mundu Gerra hasi zenean Buenos Airesera joan ziren. Han ekin zion ibilbide artistikoari publizitaterako egindako marrazkiarekin. 1952an Euskal Herrira itzuli zen, eta Arantzazuko Basilikako kriptako muralak egitea eskatu zioten. Urte beteko lanaren ostean, Santutegiko dekorazioa debekatu zuen agindua iritsi zen, eta Basterretxeak ezin izan zituen muralak 1984ra arte amaitu. Bi talde artistiko esanguratsuren sortzaileetako bat izan zen: 1957an Jorge Oteizarekin eta Agustín Ibarrolarekin, besteak beste, Equipo 57 izenekoa osatu zuen, eta 1966an Gaur Taldea Oteiza berarekin eta Eduardo Chillidarekin, esaterako.

1958an pintura alde batera utzi zuen, eta orduz geroztik eskulturan jardun izan da. Halere, zeramika eta tapizeria landu ditu, eta fotografian eta zineman ere aritu da. Hasierako urteetan egindako artelanak konstruktibismoari lotu zitzaizkion, baina espresionismo abstrakturantz egin zuten mitologiako eta Euskal Herriko herri-sinesmeneko erreferentziaz jantzi zituenean. Bere obra garrantzitsuenen artean nabarmendu behar dira Eusko Legebiltzarreko hemizikloan dagoen zapi adarreko zuhaitza, Donostiako Bakearen Usoa eta Renoko Euskal Artzainari eskainitako Monumentua. Euskal izaerari buruz Ameriketako Estatu Batuetan jarritako lehen eskultura izan zen azken hori.

“Aintzara garamatzaten gaizkiaz, bekatuaz,
erredentzioaz, penitentziaz, pekamenaz eta
martirioaz ariko da plastikoki kripta”.
Nestor Basterretxea

Basterretxeak 50. hamarkadan kripta dekoratzeko hautatu zuen ideiak ez du zerikusirik ondoren, 80. hamarkadako erdialdean, gauzatu zuenarekin. Jorge Oteizarekin eta Carlos Pascual de Lararekin batera sortutako “Arantzazuko Basilika Berriko pinturako eta eskulturako informeen aurretiazko azalpenak” idatzian jaso bezala, kriptan irudikatuko zituen gaiak bekatuarena, pekamenarena, barkamenarena eta aintzarena ziren: “Horiek denak ideiak dira gertaerak baino gehiago. Horrenbestez, sinboloaren indar espresiboa erabili beharko dut. Sinbolismoak, dena den, argi ulertzeko modukoa izan behar du. Muralak gogo-jardunak bezalakoak izan daitezen nahi dut: kontzientziari egindako dei indartsua”.

Baterretxeak proiektu hori gauzatu izan balu kriptak zentzu teologiko sakona izango zukeen. Artistaren arabera, muralez mural fededuna bere baitako bekatuaz jabetuko zen. Baina horrek ez zukeen larrituko, Jainkoak gizakia berarengandik hurbil nahi duela konturatzeak bake- eta poztasun-sentimendua sorraraziko ziokeen. Horregatik bidali zuen Semea, errugabea izanik hil zena, gizakiak berarekin berradiskidetzeko.

Norbaitek pinturak borratu zizkionean Basterretxeak hamaika mural zituen amaiturik. Irudi horien indar espresiboa erakusten duten lau zirriborro daude Arantzazuko artxiboan: Jainkoaren existentzia ez ikusteko aurpegia estaltzen duen gizona irudikatzen du batek; beste batean frantziskotarrak ageri dira haien misio-espirituaz maitasun- eta barkamen-mezua zabaltzeko nahian, eta azken batek uso zuria erakusten du bakearen eta Espiritu Santuaren sinbolo gisa.