La cripta se encuentra en el lugar donde se supone estuvo la capilla de la aparición, coincidente con el sitio en el que apareció la imagen de la Virgen. Su decoración estuvo envuelta en una gran polémica que duró más de 30 años.

A mediados de 1952, los arquitectos Francisco Javier Sáenz de Oiza y Luis Laorga, con el beneplácito del Provincial Pablo Lete, invitaron a varios artistas a participar en el concurso por el que se decidiría quién iba a realizar la decoración pictórica de la Basílica. Las personas encargadas de elegir la obra más adecuada fueron los propios Sáenz de Oiza y Laorga, el escultor Jorge Oteiza, el arquitecto Secundino Zuazo y el pintor Daniel Vázquez. Los dos últimos miembros de la Academia de San Fernando de Madrid. De los diez bocetos que presentaron a concurso, se estimó por unanimidad que solamente dos, el de Carlos Pascual de Lara y el de Néstor Basterretxea, eran apropiados para el proyecto. Se estableció que Lara pintaría el ábside y Basterretxea se encargaría de la cripta. Esto se les comunicó a los pintores en enero de 1953.

Meses antes de que la construcción de la nueva Basílica hubiera concluido, en verano de 1955, llegó desde Roma la orden que confirmó la decisión que el Obispo de San Sebastián, Jaime Font Andreu, había tomado un año antes: la decoración del Santuario fue prohibida por no ajustarse a los cánones artísticos establecidos. Todos los artistas encargados de la decoración tuvieron que acatar ese mandato.

La situación ya era difícil por sí misma, cuando una noche las primeras líneas que había trazado Basterretxea en las paredes de la cripta fueron borradas con pintura blanca sin que nadie se responsabilizará de dicho acto. Entonces empezó su enfrentamiento con los franciscanos. Muchos años transcurrieron hasta que el artista y los franciscanos iniciaron en 1980 los trámites para la finalizar la decoración de la cripta. En 1983 las dos partes firmaron un acuerdo y el año siguiente Basterretxea concluyó el trabajo que había empezado tres décadas antes.

Néstor Basterretxea nació en Bermeo el 6 de mayo de 1924. En 1936 se exilió con su familia a Francia y, debido al estallido de la II. Guerra Mundial, se trasladaron a Buenos Aires donde el escultor y pintor desarrolló como primera actividad artística el dibujo publicitario. En 1952 regresó y fue elegido para la realización de las pinturas murales de la cripta de la Basílica de Arantzazu. Tras un año de trabajo, la prohibición que paralizó la decoración del Santuario también afectó a Basterretxea y sus murales no pudo terminarlos hasta 1984. Destaca entre los fundadores de dos importantes grupos artísticos: en 1957 formó el Equipo 57 junto a Jorge Oteiza y Agustín Ibarrola, entre otros, y en 1966 el Grupo Gaur junto al propio Oteiza, Eduardo Chillida, etc.

En 1958 superó su etapa pictórica y su actividad principal a partir de entonces ha sido la escultura. Aunque también se ha dedicado a la cerámica, la tapicería, la fotografía y el cine. Sus obras pertenecen en una primera fase al constructivismo y después evolucionan hacia el expresionismo abstracto llenándose de referencias de la mitología y creencias populares del pueblo vasco. Entre sus obras más importantes están el árbol de siete ramas que preside el hemiciclo del Parlamento Vasco, la Paloma por la Paz en San Sebastián y el Monumento al pastor vasco en Reno. Ésta fue la primera escultura sobre lo vasco en los Estados Unidos.

“La cripta hablará plásticamente del problema del mal
y del pecado, de la redención, de la penitencia, de la expiación
y del martirio que conducen a la Gloria”.
Néstor Basterretxea

El proyecto que Basterretxea ideó para la cripta en los años 50 no tiene ninguna relación con el que plasmó a mediados de los 80. El texto que junto a Jorge Oteiza y Carlos Pascual de Lara escribió como “Explicación preliminar a los informes de escultura y pintura para la Nueva Basílica de Arantzazu” deja patente que los temas que debía representar eran el pecado, la expiación, el perdón y la gloria: “Éstas son más ideas que hechos por lo que debo recurrir a la fuerza expresiva del símbolo. El simbolismo debe, sin embargo, ser claramente comprensible. Pretendo que los murales sean como los propios ejercicios espirituales: una potente llamada a la conciencia”.

De haberse realizado este proyecto la cripta hubiera tenido un profundo sentido teológico. Según el artista, recorriendo sus muros el fiel hubiera visto la realidad de pecado que existe en él. Pero lejos de angustiarse por esto, un sentimiento de paz y de alegría le habría llenado el corazón ante el hecho de que Dios no quiere que el ser humano esté alejado de él. Para lo que envió a su Hijo, que siendo inocente, murió para que toda la humanidad se reconciliara con su Padre.

En el archivo de Arantzazu se conservan cuatro bocetos que reflejan la gran fuerza expresiva que tenían los once muros que estaban ya pintados cuando alguien los borró con pintura. En estos bocetos pueden verse la figura de un hombre que se tapa la cara para no ver la existencia de Dios, a algunos franciscanos que con espíritu misionero se lanzan, con la cruz como única arma, a extender el mensaje de amor y perdón a todas las personas y una paloma blanca como símbolo de la paz y del Espíritu Santo.