La función del camarín es la de permitir ver la imagen de la Virgen de Arantzazu. A este lugar, que Xabier Egaña terminó de decorar en 1979, se accede tras subir unas escaleras que se encuentran detrás del presbiterio.

Egaña se encontraba en Madrid cuando le sugirieron que podía ser él quien decorara el camarín. Esto fue en 1978. En realidad había transcurrido mucho tiempo desde que los bocetos de Néstor Basterretxea crearan la polémica que retrasó desde los años 50 hasta mediados de los 80 la decoración de la cripta, pero al parecer en veinticinco años la censura en materia de arte sacro no había avanzado demasiado. Y es que también costó un gran esfuerzo que los murales de Egaña, en los que aparecían desnudos masculinos y femeninos, fueran aceptados por la moral cristiana en un recinto tan sagrado. Poco a poco la comunidad de franciscanos entendió el sentido de esta obra de Egaña que se basaba en el libro de Job, donde el tema central es el sentido del dolor, y sus pinturas no supusieron otro escándalo como el de la cripta de Basterretxea.