San Sebastián (Donostia en vascuence) es Capital de la provincia civil de Gipuzkoa (País Vasco); es ciudad de carácter turístico, comercial y cultural. En el Censo de 2001 figuraba con 181.900 habitantes. El Convento franciscano de San Sebastián está ubicado en el llamado Paseo de Atocha (Duque de Mandas) de su Barrio de Egia.

El actual Convento fue fundado en 1923, como continuación de otro que existió en el mismo Barrio desde 1606, fruto en este caso de los diversos intentos habidos en el siglo XVI por establecerse en la localidad. Fue Casa recoleta de la Provincia franciscana y perduró hasta que, incendiado por las tropas durante la I Guerra Carlista (1836), hubo de ser abandonado y le alcanzó también la Exclaustración.

La fundación de 1923 supuso el primer restablecimiento de la Orden en las Capitales vascas, y muy pronto fue señalada para Sede del Ministro Provincial (1925). La edificación del convento y la iglesia se llevó a cabo con rapidez, y ambos fueron inaugurados en 1926. Las etapas principales de su historia son la de su constitución y primer desarrollo, hasta fines de la guerra civil (1923-1939); la de sus años de máximo protagonismo pastoral y social, hasta el Concilio (1940-1965), y la etapa postconciliar, de carácter básicamente parroquial, tras erigirse la iglesia conventual en Parroquia (1965).

El Convento de San Sebastián-Atocha, con un número de religiosos reducido (por lo general entre 15 y 20), se ha distinguido por su intensa actividad asociativa, tanto entre adultos (Tercera Orden, Cofradía de Arantzazu) y entre jóvenes (Juventud Antoniana) como en la obra de la Catequesis (numerosos catequistas y niños/as). En otro orden de actividades, la Fraternidad religiosa ha atendido siempre la pastoral sanitaria (Clínicas importantes de la Ciudad, establecidas en Egia), así como a Comunidades religiosas del Barrio y a los Colegios que regentaban las mismas.

En las últimas décadas, a las obras pastorales tradicionales (Liturgia, sacramentos, predicación) y las tareas de la Curia Provincial, se han agregado también la actividad periodística (San Antonio) y la docente de algunos religiosos como Profesores y Catedráticos (Conservatorio de Música, Universidad del País Vasco).

El Convento sigue activamente presente a través de dicha labor parroquial, de sus servicios en familias e instituciones y con toda forma de contactos con la población local en la que está bien arraigado desde siempre.

La actual Comunidad franciscana es de catorce religiosos (2004).