Según la tradición, los orígenes de los hermanos Menores en Burgos están asociados al paso de Francisco por la ciudad de camino para Compostela. Se habrían establecido en la ermita de San Miguel, ubicada cerca del castillo de la ciudad. En 1226 habrían bajado a los “bayllos [los Vadillos] menores”, donde se establecieron de forma definitiva hasta la desamortización y exclaustración. La iglesia ojival que levantaron tenía tres naves, que llegaron a tener 19 capillas y altares con 22 retablos.

Entre las obras artísticas que albergaban la histórica iglesia y el convento se contaban un bellísimo lienzo de Diego de la Cruz, representando la estigmatización de S. Francisco y la colección de cuadros que decoraban armónicamente el claustro, “los más de Gaspar de Crayer y de Matheo Cerezo, hijo de esta ciudad de Burgos”.

La comunidad del convento la componían unos 60 ó 70 hermanos; en él se cursaban los estudios propios de la Orden, las cátedras de teología, gramática y artes; y tenía dependencias de enfermería, noviciado, estudiantado, biblioteca, dos grandes aulas-paraninfos para las sesiones escolares y las demás dependencias claustrales.

La huella franciscana en Burgos se deja notar en los anagramas del nombre de Jesús (JHS) y del “pulcha et decora” inmaculista, que aparecen en las agujas de la catedral y en la capilla del enterramiento de los Condestables.

El 10 de noviembre de 1808 el convento de S. Francisco fue asaltado, saqueado y expoliado por las tropas de Napoleón, que destrozaron e hicieron desaparecer la mayor parte de su patrimonio. Lo que pudo salvarse se recogió y trasladó entonces al convento de San Francisco de Santo Domingo de la Calzada en La Rioja, –hoy está en Nájera–. Restablecida la comunidad en junio de 1813, pervivió hasta el 8 de marzo de 1836, en que los hermanos tuvieron que abandonar el convento, cuyos últimos restos pueden contemplarse hoy en la calle de san Francisco.

En junio de 1938 los franciscanos se establecieron nuevamente en Burgos, junto al monasterio de Santa Clara. Hoy en día la comunidad se compone de 4 hermanos, que sirven en la capellanía del mencionado monasterio y administran el culto de su templo. Son animadores de la Orden seglar franciscana, y uno de los hermanos funge también de Asistente de las Federaciones de clarisas y concepcionistas de Ntra. Sra. de Arantzazu.