Pamplona es la capital histórica del Reino de Navarra, a la que el movimiento franciscano llegó tempranamente. En los decenios recientes, Pamplona ha sido el centro principal de la industrialización en Navarra, y es la capital de la Comunidad Foral, así como su población más importante: 190.372 habitantes (2003).

La primera constatación franciscana documentada corresponde a la de las Clarisas, establecidas aquí antes de 1228 (primer Monasterio conocido fuera de Italia). El primer establecimiento de los frailes, en el Barrio de San Pedro de Ribas, no resulta fácilmente datable, pero no es aventurado situarlo en torno a 1220; en 1246 se documenta su traslado a la Taconera (actual H. Tres Reyes). En el s. XVI se vio obligado a mudarse de nuevo, esta vez al interior de las murallas (actuales Plaza y Escuelas de San Francisco), donde prestó sus servicios hasta que lo alcanzó la Exclaustración, en 1837.

El retorno de los franciscanos a Pamplona, con Convento propio, tuvo lugar en 1976, en el Barrio de Iturrama. Las tareas de esta nueva Fraternidad estuvieron centradas desde el comienzo en la atención parroquial al Barrio donde se ha hecho presente la misma. La Parroquia fue oficialmente erigida en febrero de 1980, y el desenvolvimiento de la misma ha estado directamente ligado al del propio Barrio (demográficamente joven, a la llegada de los religiosos), a las inquietudes y renovación pastoral postconciliares, con una notable participación de los feligreses en la vida parroquial.

La Comunidad ha sido también Fraternidad educativa, acogiendo durante algún tiempo a jóvenes estudiantes aspirantes a la Orden (1976-1994).

En la actualidad son cinco los religiosos que forman la Fraternidad, y atienden a los servicios del Convento y la Parroquia.