La presencia franciscana en Nájera tiene dos épocas. Los hermanos franciscanos están en Nájera desde el siglo XVI. Fue gracias al Duque de Nájera, Antonio Manrique de Lara, quien, habiendo construido el convento de San Francisco, se lo entregó a los hermanos franciscanos. Está todavía visible, aunque parte de las primeras cubiertas se hayan desplomado. La desamortización obligó a los hermanos a abandonar su convento e iglesia.

El 21 de julio de 1895 volvían a estar presentes los franciscanos en Nájera; esta vez ocupando el monasterio benedictino de Santa María la Real, fundado en 1052 por el rey don García Sánchez “el de Nájera”, y abandonado por los monjes cuando la desamortización.

Acomodado el monasterio a convento, los hermanos atienden al culto de la iglesia, se ocupan de tareas pastorales dentro de la ciudad, son párrocos de tres pueblecitos, Mtute, Tobía y Ledesma de la Cogolla y capellanes de las religiosas clarisas; uno de ellos trabaja como profesor en el Instituto. Los hermanos tienen también la responsabilidad de atender al turismo, cada vez más abundante y exigente. Dentro del monasterio funciona la “Escuela del Patrimonio” de postgraduados.

Lo que en el conjunto tiene más valor artístico es el retablo de la iglesia, el claustro bajo y la sillería del coro.