La iglesia y la residencia de San Fermín de los Navarros son administras por los franciscanos a partir del 17 de enero de 1892. La comunidad, en la que entonces vivía el Comisario General, fue al principio interprovincial. En 1932, por decisión de la autoridad suprema de la Orden, iglesia y convento quedaron anexionados a la provincia de Arantzazu, entonces llamada de Cantabria.

La fraternidad de San Fermín de los Navarros ha cumplido estupendamente la función de acogida de los demás hermanos de la Provincia, que nadie se la ha impuesto y ella espontáneamente ha asumido. Madrid ha requerido la presencia de muchos hermanos por motivos muy diversos: la necesidad de gestionar asuntos en la capital, la asistencia a cursos o cursillos de diversa índole, los viajes de ida o vuelta de nuestros hermanos misioneros cuando marchan a sus destinos o vuelven a la provincia. Los hermanos de la fraternidad de San Fermín son acreedores del agradecimiento de todos los demás hermanos provinciales.

El año 1969 la iglesia de San Fermín fue convertida en parroquia. Las actividades pastorales son en primer lugar las propiamente parroquiales. Educan en la fe a niños, adolescentes y jóvenes de la zona que les ha sido asignada. Atienden en plan de capellanes y confesores a alguna comunidad religiosa franciscana. Se cuidan de la Tercera Orden secular, de la Legión de María. Trabajan también con Cáritas.