Arantzazuko Basilika berritzeko ezinbesteko bultzada eman zion 1949an Frantziskotarren Ministro probintzial bezala Pablo Lete aukeratzeak. Azkar ekin zion lanari, eta Santutegiko lanen Komisioa berriz ere jarri zuen abian. Zenbait hilabete geroago, 1950eko apirilean, Basilika berria eraikitzeko lehiaketako oinarriak argitaratu ziren. Epaia zehazterako orduan epaimahaiak kontuan izango zituen irizpideak honakoak ziren: erromesak hartzeko gaitasuna eta Basilikaren funtzionaltasuna, elizaren oina komentuko lehen solairuaren maila berean egotea eta eliza bera frantziskotar anaidiaren beharrei erantzuteko modukoa izatea. Lehen saria eskuratzeak proiektua aurrera eramateko enkargua zekarren berarekin.

Lehiaketan parte hartu zuten hamalau proiektu guztien artean kalifikazio altuena lortu zuena Francisco Javier Sáenz de Oizak eta Luis Laorgak aurkeztutakoa izan zen: “Epaimahaiaren aho bateko ustea da J. Sáenz de Oiza eta Luis Laorga arkitektuen aurreproiektua dela baldintza horiek hobe betetzen dituena. Gainera, sentimendu erlijioso sakona du eta modernoa da. Hau da, nahiz eta Euskal Herrian zabaldutako arkitektura tradizionaletik aldentzen den, arkitektura erlijioso modernoaren korrontearen baitakoa da”. 1950eko abuztua zen. Urte bereko irailaren 9an, Arantzazuko Ama Birjinaren eguna zela aprobetxatuta, jarri zuten lehen harria.

Azkar sortu ziren lehen tira-birak Basilika berriaren arkitekturak eskema tradizionalekin bat egiten ez zuelako. Oizarekin eta Laorgarekin batera lehiatu ziren zenbait arkitektu izan ziren kritikarik zorrotzenak egin zizkietenak, eta hedabideetan beren ahotsak entzunarazi zituzten. Jasotako irainei kontra egiteko eta herriari hautatutako arkitektuak ezagutzera emateko, Letek hedabideak erabili zituen. Bide batez, proiektua berritzailea zela onarturik, arkitektuen profesionaltasunean konfiantza osoa zutela adierazi zuten frantziskotarrek.

Azkenean aurreproiektua hautatu eta lehen harria jarri zenetik, lanak benetan hasi ziren arte hilabete asko pasa ziren. 1951. urtean hasi ziren gehienez bi urteko epean amaituko beharreko lanak. Hasiera batean erritmoa oso azkarra izan zen teologiako ikasleen laguntzari esker, baina Lete ezustean hegazkin-istripu batean hil zen 1952ko abenduan, eta prozesua izugarri moteldu zen. Gertaera horri Oiza eta Laorga arkitektuak estudio desberdinetan lanean hastea gehitu behar zaio. Zenbait hilabeteko atzerapenaz, Basilika berria 1955eko abuztuaren 30ean bedeinkatu zuten eta haren ateak jandeari zabaldu.

Arantzazuko Basilika berria eraiki ondoren, dekoratzea besterik ez zen falta: Jorge Oteiza arduratuko zen eskulturaz, Nestor Basterretxea kriptako pinturez, Carlos Pascual de Lara absideaz, Javier Álvarez de Eulate beirateez eta Eduardo Chillida ateez.

Arantzazuko elizak jasan zuen bigarren sutearen ondoren, berriz ere azkar berreraiki zuten inguruko nahiz urrutiko lagunek egindako diru-ekarpenak zirela-eta. Eraikita zegoen estruktura bere horretan gorde zuten, baina dekorazio-elementuak gehitu zizkioten eta okindegi, frontoi eta liburutegi berriak egiteko handitu.

Geroz eta erromes gehiago zetorren Arantzazura, eta horregatik beharrezkoa izan zen horiei denei ostatu emateko lekua eraikitzea. Komentu barruan xede horretarako zuten tokia txiki gelditu zitzaien. Elizatik bereizirik, kanpoko hormei atxikirik, beste eraikin bat altxatu zuten ostatu lanak betetzeko. Ostatu berria 1779 eta 1782 bitartean amaitu zuten.

1834ko abuztuaren 18ko gauean, Gerra Karlista puri-purian zegoen garai hartan, Mikeleteek eragindako sutea izan zen. Suak guztiz suntsitu zituen eliza eta ondoko eraikinak, eta frantziskotarrek Arantzazu utzi beste biderik ez zuten izan.

Aurrekoetan baino gehiago luzatu zen orduan Basilikaren berreraikitzea. 1844ko uztailean eraikina berriz ere altxatzeko baimena lortu zuten, eta lanak Oñatiko Antonio Sanonerren kontura egin ziren. 1846an eman zioten bedeinkazioa eliza berriari. Zenbait urte geroago, 1878 inguruan, frantziskotarrak Arantzazura itzuli ziren eta beren berritutako etxean kokatu.

XIX. mende amaieran Arantzazuko goardianoek Santutegia hobetzeko eta handitzeko lanak gauzatzea erabaki zuten. Eliza apaindu zuten, ondoan eraikin gehiago altxa eta Kapera Nagusirako erretaula berria eskatu.

Basilika handitzeko proiektua abian jarri zen 1920an, Pablo Gámizek ordaindua. Eliza neorromantikoa egin nahi izan zuten, baina zati bat bakarrik eraiki ahal izan zuten. Horixe izan zen Francisco Javier Sáenz de Oizak eta Luis Laorgak 1955ean egin zuten Basilika berriko presbiterioaren oinarria. Don Pabloren lanak diru-arazoak zirela-eta gelditu behar izan zituzten, baina baita Arantzazura etortzen ziren erromes guztien toki-beharrei erantzuteko ez zelako aproposa ere. Horregatik bertan behera utzi zuten egitasmo hori, eta Santutegiaren benetako beharretara egokituriko eraikina altxatzera bideratu zituzten indarrak. 25 urtetik gora egon ziren geldi Arantzazuko Basilika handitzeko lanak finantziazio falta zela-eta.

1553an lehenengo eliza suntsitu ondoren, azkar eman zitzaion hasiera berreraikitze-programari. Etengabe Arantzazura iristen ziren erromesaldiak hartzeko eraikin duina egitea zen asmoa. Lanak egiteko jasotako limosnak ugariak izan ziren, eta mundu osotik iritsitakoak gainera. Esate baterako, Oñatiko Udalak dirua eta egurra eman zituen, eta Ingalaterrako erresumatik Ruy Gómez de Silva leinargiak ere egin zuen diru-ekarpenik.

XVII. mendeko lehen urteetan elizaren gurutzadura eraiki zen, eta lekaideen etxea aldatu: lehen solairua ostatu bihurtu zuten, eta bigarrena nobizio-leku eta erizaindegi. Lan horiek Aita Miguel Aramburuk zuzendu zituen garaiko arkitektura monastikoari jarraituz. Horrenbestez, elizari atxikituriko klaustroa egin zuen, eta haren inguruan jarri fraideen gelak.

1622ko uztailaren 14an berriz ere sutea izan zuten Arantzazun. Komentuko zati bat erre zuen suak, baina kapera osorik atera zen.