Arantzazuren historiari agerraldi misteriotsu batek eman zion hasiera. Rodrigo de Balzategi artzainak bere ardiena ez zen zintzarri ezezagunaren soinua entzun zuen. Gerturatu zenean Ama Birjina baten irudia aurkitu zuen elorri zuriaren gainean. Horrek ermita txiki bat eraikitzeko beharra azaldu zion: “Ene semetxo, zoaz aita zurginarengana eta esan iezaiozu nire partez hemen bertan Arantzazu izeneko ermita bat eraikitzeko. Horretarako nahikoa izango ditu hiru ohol eta zazpi teila. Denborarekin ermita ezaguna izango dela ziurtatzen dizut, izan ere, seme-alaba piloa etorriko da laudorio-kantuz eta Meza Santua ospatuz ni ohoratzera”. Hala idatzi zuen Aita Adrian Lizarraldek bere Historia de la Virgen y del Santuario de Arantzazu liburuan

Lehenengo ermita hori “ekialdetik mendebaldera begira jarritako bi hormak osatzen zuten, eta ekialdeko muturrean beste bat zuen bi horiekiko zut. Horma horiek denak egurrezko barrez osaturiko balaustrada batek isten zituen, zeinetatik ermitako barrualdea ikus zitekeen. Teilatuaren bi isurialdeek bat egiten zuten puntutik zintzilik zegoen, makilezko trapezio batetik, kanpai txiki bat. Eliz atarian jarritako ontzitegi baldar batean mota askotako kandelak zituen pizturik. Ermitaren aurrealdean harriz egindako mahaia zegoen, eta horren gainean Ama Birjinaren irudia zuen horma-hobia”.

Hasiera-hasierako eliza hori suak erre zuen 1553ko San Juan Ebanjeliariaren eguneko gaualdean.