Una vez destruida la primera iglesia en 1553, se dio comienzo rápidamente al programa de reconstrucción. Se quiso hacer una obra digna para la acogida de las constantes peregrinaciones que llegaban. Las limosnas fueron numerosas y provenientes de infinidad de lugares del mundo. Por ejemplo, el Ayuntamiento de Oñati aportó dinero y madera y desde el reino de Inglaterra el Ilustre Ruy Gómez de Silva también hizo su aportación.

En los primeros años del siglo XVII se construyó el crucero de la iglesia y se transformó la casa de los religiosos, convirtiendo el primer piso en hospedería y el segundo en noviciado y enfermería. Esta obra fue realizada por el Padre Miguel Aramburu siguiendo el tipo de arquitectura monástica del momento, consistente en un claustro adosado a la iglesia en torno al que se colocaban las distintas celdas de los frailes.

El 14 de julio de 1622 vuelve a declararse un nuevo incendio que destruye parte del convento, quedando la capilla intacta.